Életrajz
Francisco de Borja a III. gandíai herceg, Juan de Borja és Aragóniai Johanna elsőszülött fia volt. Az apai törvénytelen ágon VI. Sándor pápának, az anyja révén pedig Katolikus Ferdinándnak, Aragónia királyának volt dédunokája. A családban vallásos nevelést kapott, amiben nagy szerepet játszott nagyanyja és nagynénje: mindketten beléptek a gandíai klarisszák rendjébe. Apja második házasságában tizenkét gyermek született. Az 1519–22-es parasztlázadáskor a családnak menekülnie kellett. A lázadás leverése után Borja Zaragozába került anyai nagybátyjához, az ottani érsekhez. Grammatikát és zenét tanult. 1522–5-ben Tordesillasban tartózkodott, ahol Őrült Johanna lányának, Katalinnak az udvarába került annak III. János portugál királlyal kötött házasságáig. Utána visszakerült Zaragozába, ahol Gaspar Lax spanyol humanista tudós, filozófus vezetése alatt tanult.
1528-ban kezdte meg szolgálatát V. Károly császár udvarában. Izabella császárné udvarhölgyét, a portugál Leonor de Castrót adta hozzá feleségül. Nászajándékul a császári pártól megtisztelő feladatokat kaptak. Házasságukban négy fiú és négy leány született. V. Károly távolléte alatt, 1529–33-ban a férjét helyettesítő császárné kíséretéhez tartozott. 1534–5-ben a császár Spanyolországban tartózkodott, és Borjával matematikát, történelmet és kozmográfiát tanultak Alfonso de Santa Cruznál. 1536-ban V. Károly tuniszi győztes hadjáratában nem vett részt, de a Provence-ban, Franciaország ellen vívott szerencsétlen hadjáratában igen.
Izabella császárné 1538. május 1-jén, harminchat éves korában meghalt. Borja részt vett a holttest Granadába szállításán, és amikor meglátta az eltorzult arcot, a hagyomány szerint így kiáltott: „Soha többé nem szolgálok egy úrnak, aki halandó!” Nem bizonyos, hogy valóban ő és valóban így mondta, de naplóbejegyzése Izabella haláláról azt mutatja, hogy további életében a földi javakhoz való viszonya sokkal szigorúbb lett.
1539. június 26-tól 1543 áprilisáig katalóniai alkirály lett. V. Károly részletes utasítást adott számára. Küzdött a banditizmus ellen, megerősítette a tengerpartot a törökök és a kalózok ellen, és 1542-ben kivédte a franciák támadását. Ugyanebben az évben a monzóni birodalmi gyűlésen felesküdött Fülöp hercegre.
Ezekben az években Borja mélyen vallásos életet élt. Szoros kapcsolatban állt a ferencesek reformágával, Alkantarai Szent Péterrel és a szélsőséges laikus testvérrel, Tejedai Jánossal, akit magával vitt Granadába. Találkozott az első, Spanyolországba érkező jezsuitákkal is: Faberral és Araozzal.
Atyja halála, 1543. január 8. után Gandía hercege lett. V. Károly azt tervezte, hogy ő lesz a portugál király lányának, Máriának és a császár fiának, Fülöpnek, házasságkötésük után az udvarmestere. A tervhez a portugál király nem járult hozzá. Borja ettől kezdve hercegségével törődött, de gondja volt alattvalói vallásos életére is. Hat kis lelki könyvet írt, amelyeket egy kötetben is kiadott 1548-ban Valenciában.
Borja felesége, Leonor 1546. március 27-én meghalt. Ez meggyorsította útját a Társaságba lépés felé. A Faber Péterrel és Antonio Araozzal való találkozás és Ignáccal folytatott levelezése volt a kezdet, a P. Ovidiónál végzett lelkigyakorlat meghozta a végső döntést. 1546. június 2-án letette a tisztaság és engedelmesség fogadalmát, és azt, hogy belép a Társaságba. Ignác előírta, hogy rendezze gyermekei örökségét, és Granadában tanuljon teológiát. 1548-ban lett a Társaság professzusa. A pápa engedélyével még három évig megtarthatta birtokait, és intézhette azok ügyeit. 1545-ben kollégiumot alapított, az elsőt külső tanulók számára, melyet 1547-ben a pápa egyetemmé nyilvánított. Ez volt a Társaság első egyeteme, ahol maga Borja is teológiai doktorrá lett 1550. augusztus 20-án.
Mivel a lelkigyakorlatokat sok támadás érte, Borja elérte, hogy III. Pál vizsgáltassa felül azokat. A pápa Álvarez de Toledo bíborost és a pápai palota mesterét, Egidio Foscararit bízta meg ezzel a feladattal, akik megadták a jóváhagyást. A pápai leirat dátuma 1548. július 31. A latin szöveg ötszáz példányban jelent meg, amelynek költségét Borja viselte. 1550-ben a szentévre Rómába utazott. Útjának az is célja volt, hogy Ignáccal megbeszélje hivatalos és nyilvános belépését a Jézus Társaságába. Emellett részt kellett vennie a professzusok gyűlésén, melynek témája a Társaság alkotmánya volt. Augusztus 30-án indult Rómába Araoz, Andrés de Oviedo és Diego Mirón társaságában, és október 23-án érkezett meg. Részt vett a Társaság két fontos művének elindításában, a Gesù-templom alapkőletételében és a Római Kollégium előkészítésében, amely 1551. február 22-én nyílt meg. Ignác rábízta lakhelye kiválasztását, miután kivette a tartományfőnök Araoz joghatósága alól. Borja Oñatéba költözött, ahol kollégiumot alapítottak. 1551. májusban szentelték pappá. Első privát miséjét Loyola házi kápolnájában mondta 1551. július 31-én, a nyilvánosat Vergarában november 15-én 10 ezer hívő előtt.
1554-ben Ignác három részre osztotta fel a spanyol rendtartományt. Ezek, majd Portugália és a tengerentúli birtokok felügyeletére Borját nevezte ki komisszáriusává.
Borja mint lelkivezető a spanyol királyságban kapcsolatban állt V. Károly leányával, Johannával és az anyakirálynő Johannával. V. Károly is többször hívta magához Yustéba. II. Fülöppel feszült volt a viszonyuk, olyannyira, hogy az Borja írásait a tiltott könyvek listájára helyeztette.
Ignác haláláról csak 1556. szeptember 17-én értesült. A IV. Pál pápa és Spanyolország közötti háború megakadályozta az első rendi nagygyűlés összehívását, amelyet csak 1558. júniusban nyitottak meg. Borja gyenge egészségi állapota miatt nem utazott Rómába, ezért egy hosszabb írásban fejtette ki véleményét. Sürgette a rendalkotmány és a szabályok betartását; a szegénységi fogadalom megtartására azt ajánlotta, hogy minden rendtartományban legyen egy professzusház. Kérte az imaidő meghosszabbítását, néhány bűnbánati aktus kötelezővé tételét, és azt, hogy a tanuló rendtagok egyszerű fogadalmában a tisztaság ünnepélyessé legyen. Írása későn érkezett Rómába, így a nagygyűlés nem tudott vele foglalkozni. Ezért az új rendfőnök, Laínez válaszolt Borjának.
1559. augusztus 17-én a spanyol inkvizíció kiadta a tiltott könyvek listáját, amelyen Borja néhány kisebb műve is szerepelt. Erre III. János portugál király öccse, Portugáliai Henrik bíboros (később I. Henrik néven portugál király 1578–80 között) meghívta őt Portugáliába. Miután Rómában a rendfőnök asszisztense, Luís Gonçalves da Cámara meghalt, Diego Laínez Borját hívta utódjául. 1561. szeptember 7-én érkezett meg Rómába, de ezt a hivatalt csak 1564-ben töltötte be. Mivel Laíneznek Poissyba és Trientbe kellett mennie, ahová a vikárius Alfonso Salmerón is hivatalos volt, Borja helyettesítette őt. A rendfőnök visszatértével Borja asszisztens lett. Laínez azonban rövidesen meghalt, ekkor Borját választották vikáriussá. 1565. június 20-ra egybehívta a rendi nagygyűlést, amely július 2-án a harminckilenc szavazatból harminceggyel őt választotta rendfőnökké. Július 28-án megválasztották a négy asszisztenst: Antonio Araozt spanyol, Everard Mercuriant francia és német, Benedetto Palmiót olasz és Diego Mirónt portugál, indiai és brazil asszisztenssé. A gyűlés 1565. szeptember 3-án fejeződött be.
Az általános nagygyűlés fontosabb munkái és rendelkezései a következők voltak: megvizsgálták a Társaság szabályait; az imádság idejét, aminek alapján Borja elrendelte november 5-én az egyórás elmélkedést; az újoncidő és a tanulmányok rendjét. A kollégiumok száma Ignác halálakor ötven, Borja halálakor, 1574-ben százhatvanhárom volt. 1569-ben kiadta a középiskolák számára a tanítás rendszerét, az első Ratio studiorumot. 1571-re készen volt a bölcselet és a hittudomány rendje is. Előírt tizenhat tételt, amelyeket igaznak kellett tartani.
A rendgyűlés rendezte a vizitátorok feladatát is, akik az előző komisszáriusokat helyettesítették. A 19. dekrétum megvalósításaként Borja összehívta az első prokurátorok gyűlését. A Domonkos-rendi V. Piusz pápa megváltoztatta a rendalkotmány néhány pontját, így a tanuló rendtagok egyszerű fogadalmát, a közös zsolozsma hiányát, és előírta, hogy az utolsó fogadalmat a papszentelés előtt kell tenni.
Borja nagy figyelmet szentelt Közép-Európa vallási nehézségeinek. Erősen támogatta a Német Kollégiumot Rómában, valamint a kollégiumok alapítását Ausztriában, Németországban, Lengyelországban és Belgiumban.
A tengerentúli missziókban, a spanyol gyarmatokon is megindította a jezsuiták működését, ahol addig csak a négy koldulórend (az ágostonosoké, a dominikánusoké, a ferenceseké és a mercedenáriusoké) dolgozott. Az első hely Florida volt, aztán Kuba, Mexikó és Peru következett. Megerősítette Brazíliát, Indiát, Japánt és a kelet-ázsiai szigetvilágot.
1571. június 1-jén V. Piusz pápa utasítására el kellett kísérnie annak unokaöccsét, Michele Bonelli bíborost spanyolországi és portugáliai útjára, majd Franciaországba is. Június 30-án hagyták el Rómát, és augusztus 29-én értek Barcelonába. Madridban Borja arra is talált időt, hogy a Társaság ügyeiről tárgyaljon a kasztíliai, a toledói és a kinevezett mexikói tartományfőnökökkel. Lisszabonban találkozott fiával, Juan de Borjával, az ottani spanyol követtel. A tárgyalás témája a francia királylány, Valois Margit házassága volt a fiatal portugál királlyal, Sebestyénnel. A cél az volt, hogy megakadályozzák a királylány házasságát a protestánssá lett Navarrai Henrikkel, a későbbi francia királlyal. A pápai követ közbelépése 1572. február 10-én sem járt sikerrel.
Borja a visszautat Rómába már betegen tette meg. Emiatt négy hónapig időzött Ferrarában. Ott tartózkodása alatt, 1572. május 1-jén meghalt V. Piusz pápa. Ekkor folytatta útját, és szeptember 28-án megérkezett Rómába, két nappal később azonban meghalt. VIII. Orbán pápa 1624. november 23-án boldoggá, majd X. Kelemen pápa 1671. április 12-én szentté avatta.