A Társaság első korszakában (1540-1773) Magyarországon három egyetemi, két főiskolai és 41 középiskolai könyváron kívül további 
40 rendházi könyvtár működött, amelyek közül a budai, a kolozsvári és a pozsonyi országos hírnévnek örvendett, a nagyszombati pedig Európa-szerte ismert tudományos gyűjtemény volt. Ez a mai ELTE Egyetemi Könyvtár jogelődje.
A Társaság második korszakában, 1814-től (Magyarországon 1853-tól) folytatódott a könyvtárak alapítása: mivel a régieket nem kaphatták vissza, új gyűjtemények keletkeztek. A legfontosabb a két középiskolai könyvár volt Kalocsán és Pécsen, de a szegedi főiskolán, a budapesti rendi központban és a Manréza lelkigyakorlatos házban és noviciátusban szintén működtek könyvtárak. Az egyes vidéki rendházakban kisebb, elsősorban a pasztorális-liturgikus munkát elősegítő könyvgyűjtemények jöttek létre, így Szegeden, Hódmezővásárhelyen, Mezőkövesden, Nagykapornakon, Kispesten és Kaposváron.
Sajnos 1950-ben, a szerzetesrendek működésének erőszakos betiltása során a könyvtárak nagy része megsemmisült vagy állami kezelésbe került, így a vidéki rendházaké és a levéltárral együtt 1934-ben alapított Rendtörténeti Könyvtár állománya is.
A külföldre kényszerült magyar rendtartomány azonban – Európában és a tengerentúlon is – folytatta a könyvtárszervezői munkát, ennek és a nagylelkű adományozóknak köszönhetően a kilencvenes évek közepére új jezsuita könyvtárak alakultak ki. A Magyarországi Rendtartomány minden rendházában és intézményében igyekeztek helyi kabinet könyvtárakat kialakítani.
A levéltár és könyvtár újjáalapítása 1991-ben történt meg. Ekkor kezdődött meg a levéltár és a könyvtár szétszóródott állományának összegyűjtése. Ennek eredményeként mintegy 1100 kötet kapott vissza a Rendtörténeti Könyvtár, melynek nagyobb része 16–19. századi kötet. 2010 októberében a könyvanyagot egy helyen, közös raktárban helyezték el. Ez megnyitotta a lehetőséget az állomány revíziója és állagmegóvása előtt.
2012 nyarán a gyűjtemény tovább gazdagodott, miután a Pannonhalmi Főapátság Könyvtárából a Rendtörténeti Könyvtár további 1000 kötetet kapott vissza, szintén 16–19. századi könyveket. Így alakult ki 2012 júliusára egy 2100 kötetes régi könyves állomány. Ezt a Rend a saját költségvetése terhére, a Pre-Con Bt. restaurátorainak segítségével preventív konzerválási eljárásban portalaníttatta, tisztíttatta és fertőtleníttette. Az állomány így megtisztult, jobb állapotú lett és évekre konzerválódott. Áttekintő jegyzék is rendelkezésre áll róla, amely alapján az ELTE-BTK könyvtár szakáról jött gyakornokok bevonásával egy mélyebb, szakmai feldolgozás is megkezdődött. Az állomány főként teológiai, történeti, egyháztörténeti, kánonjogi és jogi, illetve szépirodalmi művekből áll.
A Rendtörténeti Könyvtár másik, lényegesen nagyobb része a levéltár segédkönyvtáraként működik. Főleg jezsuita vonatkozású köteteket tartalmaz: a jezsuiták történetéről, illetve jezsuita szerzők által írtakat. A gyűjtemény ezen része nemrég újrarendezésre került, és évről évre gyarapodik a legfrissebb magyar és nemzetközi jezsuita történeti szakirodalommal.
