2. Zagreb - Akademie

Neben dem Gymnasium wurde zunächst im Schuljahr 1638/1639 und dann regelmäßig ab 1653/1654 eine philosophische Ausbildung angeboten. Im Jahr 1660 befreite der kroatische Sabor das Jesuitenkolleg für fünf Jahre von der Zahlung von Kriegssteuern, um ein Gebäude für den philosophischen Kurs errichten zu können. Im Herbst 1662 wurde das dreijährige Vollstudium der Philosophie eröffnet. Im Namen der Niederlassung ersuchten Rektor Nikola Galović SJ und im Namen des Agramer Domkapitels Kanonikus Nikola Dijanešević den Ordensgeneraé Paolo Oliva SJ um Zustimmung. In den Jahren 1665–1666 stiftete Dijanešević 4.500 Gulden für den Unterhalt der Philosophieprofessoren, die zunächst in einem Stadthaus und ab 1668 im erweiterten Gebäude der Jesuitenschule ausgebildet wurden. Obwohl der Agramer Bischof Franjo Ergeljski bereits 1633 eine Stiftung für Moraltheologie gemacht hatte und seit 1652/1653 tatsächlich zwei Professoren Vorlesungen hielten, war die Akademie niemals Volluniversität geworden.
In seiner Urkunde vom 23. Sept. 1669 verlieh Leopold I. den akademischen Status, allerdings in erster Linie, um Rechtsstreitigkeiten mit der königlichen Freistadt zu vermeiden, so dass die Jesuiten die Jurisdiktion über ihre eigenen Schülern hatten. Auch das Recht, akademische Grade zu erwerben, war von Leopolds Urkunde betroffen, wurde aber von der Akademie nicht mehr genutzt, da der Ordensgenerale es nicht genehmigte. Im Jahr 1669 wollte der Kaiser den Agramer Jesuiten und der kroatischen Elite, die die Akademie unterstützte, wohl eine Geste machen (siehe das entsprechende Dekret des Sabor, das die Privilegien bestätigte). Die Beziehungen zwischen den ungarischen (Hoch)adeligen und dem absolutistischen König befanden sich nach dem Frieden von Eisenburg (1664) und der Unterdrückung der von Ferenc Wesselényi, Ferenc Nádasdy, Nikola Frankapan (Miklós Frangepán) und Petar Zrinski (Péter Zrínyi) angeführten sog. Magnatenverschwörung (Zrinski-Frankopan-Verschwörung, 1671) auf dem Tiefpunkt. Das Recht zur Verleihung von akademischen Graden scheiterte daher am Widerstand innerhalb der Gesellschaft Jesu, da es die Privilegien der Universität Graz verletzt hätte.
Die Frage der Universitätsgründung stand während des Agramer Episkopats von Emerik Eszterházy (1708–1722) und ab den 1740er Jahren erneut auf der Tagesordnung. Ab 1726/1727 lehrte ein Professor Kirchenrecht. Ab 1746 unterrichteten drei theologische Professoren mithilfe der Stiftung (1702) von Domherrn Toma Augustić. Die Zahl der Studenten im philosophischen Studiengang schwankte zwischen 50 und 150 pro Jahr und erreichte 1734 ihren Höhepunkt (155). Im kanonischen Recht lag die Zahl der Studenten bei etwa 40 pro Jahr. In der Theologie lag die Zahl der Studenten bei 40-50, darunter auch Studenten aus dem Priesterseminar der Agramer Diözese.