Ab 1606 verhandelte Fürstbischof Leopold mit dem Passauer Domkapitel über die Errichtung eines Seminars (als Diözesanseminar). 1623 wurden die Gespräche zwischen dem Fürstbischof, dem Domkapitel und den Jesuiten wieder aufgenommen, doch konnten sie die Frage der Finanzierung nicht klären. Erzherzog Leopold Wilhelm nahm die Verhandlungen 1635 wieder auf. Er initiierte, zwei Diözesanseminare, eines in Passau und eines in Wien, einrichten. Am 31. März 1637 einigte sich Erzherzog Leopold Wilhelm mit dem Jesuitenkolleg auf die Errichtung des Seminars. Die Akademie der Jesuiten war ab 1638, als das Seminar eröffnet wurde, wieder und dauernd tätig. Zu den Studenten gehörten zunächst jährlich 2–7 jesuitische Scholastiker, die gemeinsam mit den Seminaristen ausgebildet wurden, aber im Jesuitenkolleg wohnten. Neben ihnen besuchten auch Mitglieder anderer religiösen Orden die philosophischen und theologischen Vorlesungen.
Das Seminar war von Anfang an als gemischte Einrichtung konzipiert – es nahm auch weltliche Alumnen aus Bayern auf – und diente ab (spätestens) 1643 auch als adeliges Konvikt. Neben den 10–12 Alumnen pro Jahr, die sich aus den bischöflichen und weiteren Stiftungen finanzierten, beherbergte es auch Konviktsstudenten, d.h. selbstfinanzierte weltliche Studenten adliger Herkunft. Von 1638 bis 1662 war das Seminar im Steuber’schen Haus untergebracht. 1662 wurde das Haus bei dem großen Stadtbrand zerstört, wobei der Schaden so enorm war, dass die Ruine verkauft wurde. Im Jahr 1668 erwarben die Jesuiten an der Nordseite der Jesuitenschule ein Grundstück für das Priesterseminar. Das Seminargebäude wurde jedoch erst später (1690–1693) aufgebaut, als die Schenkungen von Fürstbischof Johann Philipp Graf von Lamberg die Bauarbeiten finanzieren konnten. Lamberg errichtete auch eine neue Stiftung zur Versorgung der Alumnen, damit war das Seminar völlig neuorganisiert.
Ab 1693/1694 war das Seminar im neuen Haus untergebracht, das nun zu Ehren des neuen Stifters, des Fürstbischofs Seminar und Konvikt St. Ignatius und Philippus Neri hieß. Fürstbischof Lamberg bestimmte auch die Seminarordnung, den Seminarbetrieb und die Auswahl der Alumnen. Über die Aufnahme in das Seminar entschied der Bischof, die Eintretenden mussten bereits Rhetorikstudiert haben. Die Einrichtung wurde von den Jesuiten geleitet, die Alumnen studierten an der jesuitischen Akademie. Der Bischof stellte für das Seminar ein jährliches Einkommen von 1120 Gulden und für die philosophische Ausbildung ein weiteres jährliches Einkommen von 1150 Gulden zur Verfügung. Das Seminar diente in der Folge auch als adeliges Konvikt: Die Jesuiten durften selbstfinanzierte Konviktsschüler aufnehmen, die aber getrennt von den Alumnen Schlaf- und Studienräume (Museen) benutzen mussten. Ursprünglich (1693/1694) gab es sechs geistliche Alumnen.
Nach den Personenkatalogen der Jesuitenprovinz und den von Eggersdorfer veröffentlichten, zu klärenden (lokalen) Daten wurde das Seminar zwischen 1669 und 1671 von einem Regenten geleitet, der auch in der akademischen Ausbildung tätig war. Von 1673 bis 1688 erscheint jedoch statt eines Seminarregenten der Prokurator oder Minister des Kollegs und in einigen Jahren der Präses der Bürgerkongregation selbst als Verantwortlicher für das Seminar („habet curam seminarii“ „habet curam bonorum seminarii“), nicht aber als Regens. Dies bedeutet, dass jemand das Vermögen des Seminars, das frühere Stiftungskapital und das gekaufte Haus verwalten und administrieren musste, aber das Seminar funktionierte nicht wirklich, hatte eventuell keine Alumnen. Im Jahr 1689 wurde erneut ein Rektor ernannt, was auf die Anwesenheit von Seminaristen hindeutet. Dies macht die oben erwähnte Neugründung des Fürstbischofs Lamberg verständlicher. In der Folgezeit gehörte der akademische Unterricht nicht zu den Aufgaben der Regenten. Erst 1748 wird der Regent (Anton Kappler SJ) als Professor für Kontroverstheologie erwähnt, und diese „Nebentätigkeit“ der Regenten prägt noch die folgenden Jahre. Eine weitere Änderung ergibt sich ab 1770, als die Regenten begannen (anstatt Kontroverstheologie), Moralphilosophie zu unterrichten. Die Anzahl der Seminaristen und Konviktsschüler ist durch weitere Forschung zu klären.
Gebäude
Seminar und Konvikt (St. Ignatius und Philippus Neri)
Beschreibung
Jesuitenhäuser
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