1. Gymnasium

Am 27. März 1612 eröffnete die Schule im Steuber’schen Haus mit 72 Schülern in zwei Klassen; im darauffolgenden Schuljahr hatte sie rund 200 Schüler in vier Klassen. (Die lateinische Domschule wurde nicht aufgelöst, die beiden Schulen arbeiteten parallel weiter, obwohl die Domschule vermutlich als „Chorknabeninstitut“ weiterhin hauptsächlich elementaren Lateinunterricht erteilte.) Im November 1612 hatte die jesuitische Schule fast 200 Schüler in vier Klassen. Im November 1613 einrichtete man eine fünfte Klasse, (Rhetorik), und das Gymnasium hatte damit insgesamt etwa 300 Schülern.
Ab Oktober 1615 zog die Schule aus Platzmangel in ein neues Gebäude, das Rotmayr’sche Haus, neben dem Jesuitenkolleg und der alten Michaelerkapelle. Ab 1616 organisierten die Jesuiten auch eine sechste, unterste Klasse („infima“ oder „parva“). Beim Stadtbrand von 1662 brannte auch das Rotmayr’sche Haus ab, das Gebäude wurde nicht wieder aufgebaut, stattdessen plante der Orden einen Neubau. Von 1664 bis 1696 befand sich die Schule im Kolleggebäude, im Jahr 1696 verlegte man der Unterricht in das neue Schulgebäude. In dieser Zeit wurde aus der für zunächst Schulzwecke genutzte Teil des Kollegs durch eine Mauer von den Wohnräumen der Mitglieder abgetrennt. Das neue Schulgebäude wurde 1698 fertiggestellt und diente bis 1773 als Jesuitengymnasium und Akademie. Die Unterrichtsräume des Gymnasiums befanden sich im Erdgeschoss.
Über die Schülerzahlen liegen nur sporadische Angaben vor. Im 17. Jahrhundert gab es 200–300 Schüler pro Jahr (1665: 200, 1686: 262), 1697 waren es bereits 365. Im 18. Jahrhundert lag die Schülerzahl bei über 400 (1732: 434, 1768: 463). Nach dem Brand von 1662 gab es eine Zwangspause, und während des Österreichischen Erbfolgekriegs 1742–1745 arbeitete das Gymnasium mit weniger als 6 Lehrern (3, 4, dann 5). (Gleichzeitig hörte die akademische Ausbildung nicht auf.) Das Schulgebäude diente im Jahr 1745 (vielleicht nur teilweise) als Militärlazarett.
Die Jesuiten hatten dank des Stifters, Erzherzog Leopold, auch die Gerichtsbarkeit („iurisdictio“) über den Schülern bzw. der Studenten in Passau. Die Vergehen der Studenten ähnelten den Beschwerden in anderen Städten (z. B. Schlägereien mit Handwerksgesellen oder Soldaten). Um 1698 war die Frage nach dem Almosenrecht armer Studenten („licentia mendicandi“) ein immer wiederkehrender Streitpunkt – wobei nicht das Recht an sich in Frage gestellt wurde, sondern die Frage, ob alle Schüler und Studenten, die in der Stadt als Mendikanten lebten und bettelten, die Begabung und Eignung zum Lernen besaßen. 1709 versorgte das Kolleg selbst 18 Schüler mit täglichen Essen (sogenannte Suppenstudenten, „studiosi iuscularii“).
Ab den ersten Jahren ist uns die dramatischen Vorstellungen der Schüler bekannt. In den Jahren 1613/1614 führten die Schüler das beliebte Stück „Cenodoxus“ von Jakob Bidermann SJ auf. Bis 1662 fanden die Theateraufführungen wahrscheinlich auf dem Domplatz statt. Die Themen waren der jesuitischen Theatertradition angepasst: Heiligengeschichten, biblische Geschichten, weitere historische Themen, moralisierende (allegorische) Darstellungen und gelegentlich höfische Huldigungsspiele. Programmhefte in deutscher Sprache sind erhalten geblieben. Seit 1698 diente das neue Schulgebäude auch die Zwecke des Theaters, es gab ein kleines Theater im Erdgeschoss (zugleich Unterrichtsraum der Rhetorik) und ein großes Theater im Obergeschoss. Der letztere bot nach den Angaben der Jesuiten 2.000 Personen Platz.