2. Akademie

Ein wichtiges Anliegen für die Einrichtung einer höheren Schule neben dem Gymnasium war die Sicherstellung einer hochwertigen und modernen diözesanen Priesterausbildung. Ab 1606 diskutierte Fürstbischof Leopold wiederholt mit dem Domkapitel über die Errichtung eines Priesterseminars. Bei den Verhandlungen über die jesuitische Kolleggründung wurde von dem Domkapitel unter anderem eingewendet, dass die Diözese zwölf Alumnen habe, die an der Universität Wien studierten. Im Fundationsbrief des Jesuitenkollegs vom 22. Dezember 1615 hat man bereits die Lehre der Dialektik, der Kontroverstheologie und des Kasus (Moraltheologie) als zukünftige Aufgabe der Jesuiten erwähnt. Die Vorlesungen von Kasus und Dialektik begann Hermann Volmari SJ im Herbst 1622 mit sieben Studenten (von denen drei bereits zu Priestern geweiht waren). Aber außer 1624–1625 und 1630 wird in den Jahreskatalogen der Jesuiten bis 1638 kein weiterer Professor erwähnt. Die Lehre des Kasus und der Kontroverstheologie wurde erst 1638 mit zwei Professoren (wieder)aufgenommen. Das Jahr 1645 war eine Ausnahme. Allein in diesem Jahr finden wir in Passau sechs Professoren, was ein Indiz für den (erfolglosen) weiteren Ausbau der bescheidenen Priesterausbildung sein mag, ein Versuch, eine vollständige akademische Ausbildung aufzubauen. Im Jahr 1645 gab es in Passau ausnahmsweise 32 Jesuitenscholastiker.
Die Studienordnung der höheren Schulen (abgesehen von 1645) änderte sich endgültig ab 1667/1668, als das kanonische Recht zu den Fächern hinzukam, zunächst unter dem Namen eines Professors, der Kasuistik lehrte, und dann, ab 1680, mit einem eigenen Professor. Da das kanonische Recht als das prestigeträchtigste Fach galt, war sein Professor auch der Leiter der Akademie („praefectus superiorum scholarum”).
1697/1698 wurde auch die Logik als eigenes Fach mit einem eigenen Professor aufgenommen, und ab 1731 unterrichtete ein fünfter Professor Physik und Metaphysik. Die neue Professur wurde durch die Stiftung des Fürstbischofs Joseph Dominikus Lamberg mit einem Jahreseinkommen von 200 Gulden finanziert. Ein spezieller Lektor für Kontroverstheologie (Jakob Kurz SJ) wird erstmals 1740 im jesuitischen Personenkatalog erwähnt, aber ab 1746 übernahm der Regent des Seminars dauerhaft die Funktion des Professors für Kontroverstheologie. Auch für dieses neue Fach gab es 1745 eine Stiftung des Fürstbischofs Lamberg (mit einem Jahreseinkommen von 250 Gulden). 1755 wurde die Fächereinteilung dahingehend geändert, dass die Physik von einem eigenen Professor gelehrt wurde, während die Logik und Metaphysik einem anderen Professor unterstellt wurde.
Über die Studentenzahl der Akademie gibt es nur vereinzelte Angaben. Jesuitische Scholastiker waren nur gelegentlich an der Akademie anwesend: zwischen 1638 und 1642 waren es 2–7 Scholastiker, die in Passau Moraltheologie (Kasus) studierten. Die nicht-jesuitische Studenten waren entweder Seminaristen der Diözese Passau, Mitglieder religiöser Orden, oder Laien. Im Jahr 1665 studierten 12 Studenten Moraltheologie, im Jahr 1686 34 und im Jahr 1697 70. Im Jahr 1705 studierten (trotz des Rückgangs im Krieg) 30 Logik und 40 Theologie („Kanonisten“). 1732 erreichte die Studentenzahl ihren Höhepunkt, in diesem Jahr studierten 110 Philosophie und 108 Theologie (Moral und Kirchenrecht). Nachdem Fürstbischof Joseph Maria Graf von Thun und Hochenstein 1761 den Diözesanklerus aus der jesuitischen höheren Ausbildung herausgenommen hatte, gab es 1768 noch (insgesamt) 187 Studenten der philosophische bzw. Theologische Ausbildung der Jesuiten. Der Lehrplan, die akademischen Disputationen und Prüfungen folgten der Ordnung anderer Jesuitenschulen, und auch gedruckte Thesenblätter sind überliefert.